菌肥是从“益菌”中筛选出的功能相近，或相辅的微生物菌群。主要作用有以下几个方面：
（1）固氮作用：“益菌”可通过光合作用，把空气中的无机氮转化成有机态氮（如氨基酸），直接供果树吸收利用。
（2）分解作用：“益菌“生命活动中产生许多有益物质，能改变果树根际范围内的营养环境，活化磷、钾和其他矿质元素，有利果树吸收利用。
（3）激素作用：“益菌”能分泌激素，影响果树内源激素的含量，进而对生长发育和生理代谢产生深刻影响。
（4）抗性作用：益菌的增多，能限制有害微生物的生长与繁殖。益菌分泌的许多酶，能增加果树体内酶的活性，提高抗病、抗逆能力。